地铁16号线和昌平线南延两条线路均是北京城市南北向骨干线路。

昌平线南延开通段将北起清河站，南至西土城站，线路全长10.6公里，设车站6座：朱房北站（暂缓开通）、清河小营桥站、学知园站、六道口站、学院桥站、西土城站。

昌平线南延一期通车后将和昌平线贯通运营，昌平线将实现南北贯通，可以在六道口站换乘15号线，在西土城站换乘10号线，将多条地铁串联成网，极大便利海淀和昌平居民出行并有效缓解地铁4号线和5号线的压力。

地铁16号线南段将开通的是北起玉渊潭东门站，南至榆树庄站，线路全长14.2公里，共设车站10座，分别是木樨地站、达官营站、红莲南路站、丽泽商务区站（暂缓开通）、东管头南站、丰台站、丰台南路站、富丰桥站、看丹站、榆树庄站。

16号线9座车站中有4座车站为换乘站：在达官营站换乘7号线、在东管头南站换乘房北线、在丰台站换乘10号线、在丰台南路站换乘9号线。16号线南段(玉渊潭东门-榆树庄)开通后，也将和之前已经开通的北段、中段贯通运营，16号线的运营里程将达到45.38公里，从最北端的海淀北安河站到丰台榆树庄站仅需78分钟。