长期以来，人们把测定土壤呼吸强度作为衡量土壤微生物总活性的指标，或作为评价土壤肥力的指标之一。但必须指出，土壤微生物活动是土壤呼吸的主要来源；因此，影响土壤微生物活动的各种因素，如土壤有机质含量、pH值、温度、水分和速效养分含量等，都能影响土壤呼吸的强度，并从土壤呼吸强度的变化中反映出来。

土壤呼吸一般是指土壤释放CO2或吸收O2的强度。可分为自养呼吸（根系呼吸和根际微生物呼吸）和异养呼吸（微生物和动物呼吸）。呼吸直接来自植物光合产物的地下分布，而异养呼吸则利用土壤中的有机或无机碳。土壤呼吸测定仪可同时显示呼吸室内CO2浓度、温湿度变化和外界光合有效辐射强度。土壤呼吸测定仪广泛应用于农业生态研究、碳源与碳汇研究、全球气候变化、土地利用变化、生态修复研究、土壤微生物活性评价、植物生态学研究、昆虫呼吸、根系呼吸和果实贮藏等。