地下水中的二氧化碳也有化学反应。地表水（海水除外）二氧化碳含量一般小于2030mg/L；地下水中的二氧化碳含量约为几十毫克，每升至100mg/L。水中氮主要来自空气中氮的溶解，其中一些是生化过程中的产物，如有机物分解和含氮化合物的细菌还原。